Nacido en el año 1696, en Marruecos en la ciudad de Sali en la costa del océano. El origen de su familia, la familia Ben Atar, es de España, y el nombre Atar significa perfume o vendedor de perfumes. Su primer rabino fue su abuelo, de quien recibió su nombre. Se ganaba la vida tejiendo ropas de oro y plata. Se casó con la hija de su pariente Rabí Moshe bar Rabí Shem Tov Ibn Atar. En el año 1555 fue encarcelado como resultado de una disputa financiera relacionada con una herencia de su suegro. Debido a la difícil situación de las persecuciones se trasladó a la ciudad de Mackens y de allí a Fez. En 1778 hubo una grave hambruna en Marruecos y el rabino se trasladó a la entonces capital Tetuán y de allí a Italia pasando por Argel, donde imprimió sus libros "Or Hajaim" y "Perí Toar".

En el mes de Siván de 1876 llegó a Livorno en Italia para organizar una gran aliá a Israel, donde nombró al rabino Moshe Franco y a varios otros dignatarios de la comunidad como recaudadores para recolectar fondos para la aliá.

En el mes de Av de 1911 fue con treinta de sus discípulos y su casa a la Tierra de Israel vía Alejandría, y se establecieron en Acre. Rabí Jaim Ben Atar y sus discípulos se trasladaron de Acre a Paki'in, y a finales del año 1912 se trasladó a Jerusalén donde estableció dos yeshivot, una para los revelados y otra para los ocultos. El rabino Jaim Ben Atar falleció la noche de Shabat, el 15 de Tammuz de 1777, y tenía sólo 47 años, menos de un año después de su ascensión a Jerusalén.

Rabi Haim Ben Atar se ocupó de las necesidades públicas y del sustento de los eruditos, incluso mientras estaba en el extranjero, contribuyó a la expansión del asentamiento judío en Israel en el siglo XVIII. Estuvo en contacto con rabinos de todo el país, como el rabino Jaim Abolafia. También trabajó contra los caraítas en Jerusalén. Su alumno más famoso fue el Jida - Rabí Jaim Yosef David Azoulai. El Beshat testificó sobre Rabí Jaim Ben Atar que era digno de ser un mesías en su generación.